负责保护区内的水政监察、污染控制等行政执法和行政复议工作，查处重大违法行为；协调处理保护区内跨县区水事纠纷和环境污染等问题。

负责保护区内河道维护和安全运行管理；负责保护区内渡口管理；组织开展保护区内违法违规建房及其他建筑物的清理拆迁工作。

负责保护区内水质、水量和污染物排放的监督管理，审定水域纳污能力，提出限制排污总量意见和污染防治方案。

负责保护区内重点区域非法河道取土和用地、违法使用滩涂、影响河道和堤坝安全、违规排放污染物等问题的经常性巡查和处理。

负责依法纠正或者协助行政机关查处湿地内的违法行为。